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明治１２年（1879年）「神社明細帳」等によると、次の様に記されている。
『神功皇后が三韓征伐の折、出雲日隅宮大神のご加護をもって勝利を得た。それ以後、三韓よりの朝貢が永世のものであること、また夷賊、北狄がわが国を侵すことのないよう、併せて小濱七郷を守護したもうことを念じて、北辺の要地である磯崎（現在の大崎）に日隅宮の分身を祀られた。』

江戸時代に入ると、藩祖前田利家公も領国平定の祈願をされたり、神社への寄進や特権も与えられたので、歴代藩主の信仰も厚かった。
当時からも、日本海の浸蝕による海岸線の後退で社地の移転もしばしばあったと記録され、伝説によると「竿の林」や「権現森の石鳥居」もすでに海中深く没している。この礎石は正徳４年（1707年）、藩主前田鋼紀の社殿造営の遺蹟ともいわれている。